Ένα από τα πιο εντυπωσιακά στοιχεία της αγιοσύνης του Αγίου Ιωάννη του Ρώσου είναι το άφθαρτο λείψανό του, το οποίο διατηρήθηκε αναλλοίωτο για αιώνες.
Μετά την κοίμησή του το 1730, οι πιστοί πρόσεξαν ότι το σώμα του δεν είχε υποστεί αποσύνθεση, παρά τις φυσικές συνθήκες.
Το γεγονός αυτό θεωρήθηκε εξαρχής θαυμαστό και σημάδι της αγιότητάς του.
Το λείψανο παρέμεινε στο Προκόπι της Καππαδοκίας μέχρι τη Μικρασιατική Καταστροφή του 1922. Οι Έλληνες πρόσφυγες μετέφεραν με μεγάλη ευλάβεια το λείψανο στην Εύβοια, όπου και εγκαταστάθηκαν στο νέο Προκόπι. Εκεί, χτίστηκε ναός αφιερωμένος στον Άγιο, ο οποίος σήμερα αποτελεί μεγάλο προσκυνηματικό κέντρο.
Χιλιάδες πιστοί από όλη την Ελλάδα και το εξωτερικό επισκέπτονται κάθε χρόνο το Ιερό Προσκύνημα του Αγίου Ιωάννη του Ρώσου, για να προσκυνήσουν το λείψανό του και να ζητήσουν τη βοήθειά του. Πολλά θαύματα έχουν καταγραφεί, κυρίως θεραπείες ασθενειών, σωτηρίες από ατυχήματα, και παρηγοριά σε στιγμές δοκιμασίας.
Η παρουσία του λειψάνου στον ελληνικό χώρο θεωρείται θεόσταλτο δώρο για την πίστη των Ελλήνων. Ακόμα και σήμερα, το λείψανο του Αγίου αποπνέει άρωμα, δείγμα της αγιότητάς του. Η ακέραιη αυτή κατάσταση του σώματος του Αγίου ενισχύει την πίστη των ανθρώπων και αποτελεί ζωντανό θαύμα της Ορθοδοξίας.
