Ο πατριάρχης Αλεξανδρείας Σωφρόνιος ο Δ΄ εκοιμήθη εν Κυρίω στο προάστειο Ραμλί της Αλεξανδρείας, την Κυριακή, 22 Αυγούστου 1899, σε ηλικία 97 ετών.
Την επομένη, ο αρχιδιάκονος και γενικός πατριαρχικός επίτροπος Κωνσταντίνος Παγώνης προσεκάλεσε, δι᾽ εγκυκλίου, τους κληρικούς του πατριαρχείου, να προσέλθουν στο πατριαρχείο, για την ανάδειξη τοποτηρητού του χηρεύοντος θρόνου.
Η εκλογική σύνοδος των κληρικών του πατριαρχείου Αλεξανδρείας συνήλθε και εξέλεξε τοποτηρητή του θρόνου τον πρωτοσύγκελο, αρχιμανδρίτη Μελέτιο Αποστολόπουλο, με πλειοψηφία. Οι υπόλοιποι εκλογείς ψήφισαν υπέρ του μητροπολίτου Θηβαΐδος Γερμανού.
Στην συνέχεια, ο μητροπολίτης Γερμανός υπέβαλε ένσταση, ότι η συνέλευσις ήτο αντικανονική, διότι, αν και υπήρχαν δύο ακόμη αρχιερείς του θρόνου, ο μητροπολίτης Πενταπόλεως Νεκτάριος και ο μητροπολίτης Πηλουσίου Αμφιλόχιος, δεν εδόθη σε αυτούς καιρός να παραστούν.
Ο άγιος Νεκτάριος επεσκέφθη την Κωνσταντινούπολη, στις 3 Αυγούστου 1899, συναντήθηκε με τον Οικουμενικό Πατριάρχη Κωνσταντίνο τον Ε΄, ο οποίος ήτο πνευματικό ανάστημα του πατριάρχου Σωφρονίου. Σύμφωνα με τις από 22ας και 26ης Ιουλίου 1899 επιστολές του, τις οποίες απηύθυνε προς το διοικητικό συμβούλιο της Ριζαρείου σχολής, ο άγιος ζήτησε δίμηνη άδεια μεταβάσεώς του στην Κωνσταντινούπολη, μετ’ αποδοχών. Στην συνεδρίαση της 24ης Ιουλίου 1899 του πολυμελούς συμβουλίου της Ριζαρείου, συνεζητήθη η ανωτέρω αίτησις του αγίου Νεκταρίου, η οποία και παρεπέμφθη στο υπουργείο εκκλησιαστικών, προς έγκρισιν.
Επειδή την εποχή εκείνη η Αίγυπτος ήτο υπό την κυριαρχία του σουλτάνου της Τουρκίας, οι υποψήφιοι για τον πατριαρχικό θρόνο Αλεξανδρείας έπρεπε να λάβουν άδεια από την Υψηλή Πύλη, για να μεταβούν στην Αίγυπτο και να θέσουν υποψηφιότητα. Για τον λόγο αυτό, ο άγιος Νεκτάριος επεσκέφθη την Κωνσταντινούπολη, πριν πραγματοποιήσει το διπλό ταξίδι του στην Αίγυπτο. Η τουρκική κυβέρνησις του σουλτάνου ήτο αυτή που θα απεδέχετο την εκλογή του νέου πατριάρχου Αλεξανδρείας, με την έκδοση σχετικού βερατίου.
Ο άγιος Νεκτάριος έφθασε στην Αλεξάνδρεια το πρωΐ της 18ης Σεπτεμβρίου 1899, με το αιγυπτιακό ατμόπλοιο, μαζί με το νεοχειροτονηθέντα μητροπολίτη Τριπόλεως Θεοφάνη Μοσχονά. Τους δύο αρχιερείς υπεδέχθησαν ομογενείς και ο μητροπολίτης Θηβαΐδος Γερμανός.
Στις 21 Σεπτεμβρίου 1899, ύστερα από τετραήμερη παραμονή, ο άγιος Νεκτάριος ανεχώρησε με το ρωσικό ατμόπλοιο για τον Πειραιά. Η εσπευσμένη αυτή αναχώρηση του αγίου προκάλεσε σχόλια. Οι απόψεις του τύπου εδιχάζοντο ως προς τον λόγο που προκάλεσε την αιφνίδια αναχώρησή του από την Αίγυπτο. Μία μερίς υπεστήριζε πως ο άγιος εστάλη στο Άγιον Όρος, για να μεταπείσει τον πατριάρχη Ιωακείμ και η άλλη πως “ἡ ἀναχώρησις τοῦ Σεβ. πρώην Πενταπόλεως κ. Νεκταρίου Κεφαλᾶ, εἶνε ἔμμεσον ἀποτέλεσμα παραστάσεων τῆς Αἰγ. Κυβερνήσεως, μή ἀναγνωριζούσης αὐτόν ὡς ἔχοντα θέσιν ἐν τῷ θρόνῳ τῆς Ἀλεξανδρείας, ἀφοῦ ἀνέλαβε δημοσίαν θέσιν ἐν Ἑλλάδι χωρίς νά ζητήσῃ προηγουμένως τήν ἄδειαν πρός τοῦτο παρά τῆς Ὑψ. Πύλης”.
Στις 9 Οκτωβρίου 1899, ο άγιος Νεκτάριος ζήτησε πάλι άδεια μετά διμήνων αποδοχών από το συμβούλιο της Ριζαρείου, για να μεταβεί, για δεύτερη φορά, στην Κωνσταντινούπολη. Η μετάβασις του αγίου Νεκταρίου στην Κωνσταντινούπολη εκοινοποιήθη στην Αίγυπτο, με αποτέλεσμα οι εφημερίδες της Αλεξανδρείας να διακηρύσσουν την σίγουρη επάνοδο του αγίου στην Αίγυπτο, έχοντας ούτος εξασφαλίσει, ουχί μόνον την υποστήριξη της ελληνικής κυβερνήσεως, αλλά και του σουλτάνου. Έτσι, δικαιολογούν το δεύτερο ταξίδι του στην Τουρκία, ακόμη και οι μη προσκείμενες προς τον άγιο εφημερίδες.
Ο άγιος Νεκτάριος έφθασε στην Αλεξάνδρεια με το αιγυπτιακό ατμόπλοιο, στις 26 Νοεμβρίου 1899. Την ίδια εποχή, άρχισαν οι πολιτικές ζυμώσεις για την επικείμενη εκλογή πατριάρχου. Εφημολογείτο, ότι οι υπουργοί Ευταξίας και Λέων Μελάς είχαν τεθεί στο πλευρό του αγίου και ότι τον συνεβούλευσαν, να επισπεύσει την αναχώρησή του για την Αίγυπτο, ο δε υπουργός Δηλιγιάννης ελέγετο ότι ήτο εναντίον της υποψηφιότητος του Ναζαρέτ Φωτίου Περόγλου. Ο πρωθυπουργός της Ελλάδος, Θεοτόκης, διά στόματος του υπουργού των εξωτερικών Α. Ρωμανού, διεκήρυττε, ότι δεν έχει ουδεμία προτίμηση και ότι ως κυβέρνησις δεν ενεργεί.
Οι προσπάθειες των πατριαρχικών να αποκλείσουν τον άγιο Νεκτάριο από τις πατριαρχικές εκλογές προκάλεσαν την αντίδραση μεγάλου μέρους του Ελληνισμού της Αιγύπτου, οι οποίοι, με δημοσιεύσεις στον τύπο, διεμαρτύροντο για την στάση αυτή.
Βλέποντας ο άγιος τις παρασκηνιακές αυτές εκδηλώσεις, μετά από ολιγοήμερη παραμονή του στην Αλεξάνδρεια, επέστρεψε στην Αθήνα, στην θέση του, στην Ριζάρειο σχολή. Ο ίδιος, κάνοντας λόγο για το γεγονός αυτό στον αρχιμανδρίτη Ιωακείμ Σπετσιέρη, είχε πει: “ὑπακούσας εἰς τάς παρακλήσεις τῶν ὁμογενῶν ἐπορεύθην εἰς Αἴγυπτον, οὐχί νά φέρω ἀνησυχίας καί διαιρέσεις, ἀλλά εἰρήνην καί ἀγάπην.”
Η αναχώρησις του αγίου Νεκταρίου για την Ελλάδα εθεωρήθη ως άρσις της υποψηφιότητός του, γι’ αυτό και δεν έλαβε ψήφους. Η συνεδρίασις της εκλογικής συνελεύσεως συνεκροτήθη την Δευτέρα, 10 Ιανουαρίου 1900. Κατά την γενομένη ψηφοφορία, ο Ναζαρέτ Φώτιος εξελέγη πατριάρχης Αλεξανδρείας, η δε ενθρόνισίς του επραγματοποιήθη στις 15 Σεπτεμβρίου 1900, στον ναό του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου Αλεξανδρείας, αφού προηγουμένως ο τοποτηρητής Αποστολόπουλος εξέδωκε την υπ’ αριθμό 59 εγκύκλιο της 5ης Αυγούστου 1900, κοινοποιήσας την εκλογή του νέου πατριάρχου.
Αρκετό διάστημα πριν τις τελικές εκλογές που ανέδειξαν τον Φώτιο πατριάρχη, ο άγιος Νεκτάριος είχε συνειδητοποιήσει ότι η επιστροφή του στην Αίγυπτο δεν ήτο θέλημα Θεού. Επεσκέφθη, μετά από δεκάχρονη σχεδόν απουσία, την χώρα του Νείλου, υπακούσας στις παρακλήσεις των εκεί ομογενών, οι οποίοι πίστευαν ότι η παρουσία του θα βοηθούσε στην ομαλή εξέλιξη των εκκλησιαστικών δρώμενων, μετά τον θάνατο του Σωφρονίου. Ο άγιος αγάπησε την Αίγυπτο και συνεδέθη συναισθηματικώς με τους Έλληνες της παροικίας.
Η όλη στάσις του και τα δύο ταξίδια που πραγματοποίησε το 1899 μαρτυρούν ότι ήθελε να επιστρέψει στην Αίγυπτο και να υπηρετήσει σ’ αυτήν ως κανονικός μητροπολίτης. Δεν επιχείρησε πιο πριν, διότι δεν ήθελε να προκαλέσει τον Σωφρόνιο. Ο θάνατος του υπέργηρου πατριάρχου, καθώς και οι προσκλήσεις των εκεί Ελλήνων, ήσαν μια πρόκληση επιστροφής.
Ο άγιος ήλθε και ανεχώρησε ως ειρηνοποιός. Δεν πήγε να δημιουργήσει παρεξηγήσεις, ούτε να προκαλέσει διχόνοια, αλλά να ενώσει τα διεστώτα. Πηγαίνοντας όμως εκεί, αναγνώρισε στα πρόσωπα των πατριαρχικών την ίδια στάση που είχαν τηρήσει στο παρελθόν. Ίσως, να ανέμενε μία άλλη, φιλικότερη αντιμετώπιση από το πατριαρχικό περιβάλλον. Πιθανόν, να πίστευε, ότι ο φθόνος και οι μικρότητες του παρελθόντος είχαν λησμονηθεί, κατά την δεκαετή απουσία του στην Ελλάδα.
Το διπλό ταξίδι του αγίου Νεκταρίου στην Αίγυπτο, το 1899, ήτο μία νέα δοκιμασία για τον άγιο, όμως, για μία ακόμη φορά, ετήρησε την ίδια στάση που είχε τηρήσει το 1890. Έφυγε αθόρυβα και ταπεινά, με την πεποίθηση ότι συνέβαλε στην ειρήνευση της τοπικής Εκκλησίας, στην σύμπνοια και την ομόνοια του λαού. Ο άγιος δεν επεσκέφθη ξανά την Αίγυπτο, διετήρησε όμως αλληλογραφία και φιλία με την εκεί ομογένεια και κάποιους κληρικούς του πατριαρχείου.
Του Σεβ. Μητροπολίτου Σουηδίας κ. Κλεόπα