Ο Άγιος Ιάκωβος μέσα στο ναό κατά τη διάρκεια της θείας Λατρείας ζούσε ως ιερεύς πολλά πνευματικά γεγονότα. Γινόταν επίγειος άγγελος «συλλειτουργών», όπως ο ίδιος έλεγε σε ορισμένα πρόσωπα, με Χερουβείμ και Σεραφείμ και με Αγίους. Στην αγία προσκομιδή είδε και άγγιξε το ίδιο το πανάγιο Αίμα του Κυρίου, την ώρα που ετοιμαζόταν να καλύψει τα Τίμια Δώρα. Εκεί, άλλοτε, είδε Αγγέλους Κυρίου να παραλαμβάνουν τις μερίδες των μνημονευομένων και να πηγαίνουν να τις εναποθέτουν σαν προσευχές στο θρόνο του Δεσπότου Χριστού. Άλλοτε είδε «πνευματικώ τω τρόπω», όπως ο ίδιος έλεγε, κεκοιμημένους να του εμφανίζονται κατά κάποιο τρόπο με τη χούφτα ανοιχτή και να του ζητούν να βγάλει μερίδα υπέρ αυτών, υπέρ αναπαύσεως των ψυχών τους, κι όταν το έκανε τους έβλεπε να πηγαίνουν στον τόπο τους αναπαυμένοι. Ένα φωτοειδή αστέρα είδε άλλοτε να στέκεται επάνω από το κεφάλι ευλαβούς ιερέως που είχε επισκεφθεί τη Μονή και λειτουργούσε, τήν ώρα που έθετε τον αστερίσκο επάνω του Αμνού κατά την κάλυψη των Τιμίων Δώρων. Πνευματικά γεγονότα τέτοια ανάλογα υπάρχουν πολλά, όλα αυτά, μεγάλες δωρεές του Θεού προς τον εκλεκτό του δούλο Ιάκωβο.
Ως πνευματικός πατέρας διέπρεψε. Κανένας δεν έφευγε από το πετραχήλι του χωρίς να είναι αναπαυμένος και ευχαριστημένος. Με την πολλή του αγάπη θυσιαζόταν για όλους και παρόλο που, ιδίως τα τελευταία χρόνια, υπέφερε από πολλές αρρώστιες σε κανέναν δεν είπε: «δέν μπορώ να σε δω, να ακούσω το πρόβλημά σου». Ο κόσμος», έλεγε στη συνοδία του, «ούτε να φάει ζητάει, ούτε να πιει, ζητάει την αγάπη μας. Αν μπορούμε αυτό να το κάνουμε θα επιτύχουμε στη ζωή μας ως μοναχοί».
Από το 1975 μ.Χ., οπότε με θεοφώτιστη απόφαση του σεβασμιωτάτου μητροπολίτου Χαλκίδος κ. Χρυσοστόμου ανέλαβε την ηγουμενία και «ο λύχνος ετέθη επί την λυχνίαν», αποκαλύφθηκαν εξ ανάγκης τα πολλά του χαρίσματα που αγωνιζόταν επιμελώς να κρύβει. Η φήμη της Μονής για τα θαύματα του Οσίου Δαυΐδ, τον αγιασμένο ηγούμενο της Άγιο Ιάκωβο, τον ανύστακτο κόπο και την αβραμιαία φιλοξενία των πατέρων της διαδόθηκε σιγά – σιγά παντού και πλήθη πιστών από την Ελλάδα και το εξωτερικό κατέφθαναν στη Μονή, η οποία έτσι αναδείχθηκε, όπως γράφτηκε, «κυψέλη πνευματικής ζωής και φάρος Ορθοδοξίας, πανελλήνιο προσκύνημα, πανορθόδοξη αναφορά του αιώνα μας».
Από τα πενήντα πέντε χρόνια του και μετά παρεχώρησε ο θεός κι ο Άγιος Ιάκωβος πέρασε εκτός των άλλων δοκιμασιών και πολλές και επώδυνες ασθένειες. Έλεγε χαρακτηριστικά ο μακαριστός Γέροντας «πήρε ο εωσφόρος την άδεια να πειράξει το σώμα μου». Αυτό είπε αποκαλυπτικά και το δαιμόνιο μέσω μιας δαιμονισμένης φανερώνοντας και τις παθήσεις που είχε ο Γέροντας, τις όποιες μόνο ο ίδιος ήξερε. Κι ο Γέροντας συνέχιζε λέγοντας: «Εμένα που ποτέ άνθρωπος δεν με είδε γυμνό, εκτός από τη μητέρα μου όταν ήμουν παιδάκι, παραχώρησε ο Θεός να με δουν οι γιατροί και οι νοσοκόμοι και να με χειρουργήσουν επανειλημμένως. Έγινα θέατρο αγγέλοις και ανθρώποις».
Δεν ήταν λίγες οι φορές βέβαια που οι Άγιοι, όπως ο Όσιος Δαυΐδ, ο Όσιος Ιωάννης ο Ρώσος, οι Άγιοι Ανάργυροι, η Αγία Παρασκευή, επενέβησαν μετά από παρακλήσεις του και τον βοήθησαν στις ασθένειες του χαρίζοντας του την ίαση και την υγεία.
Η τελευταία δοκιμασία με την υγεία του που τελικά οδήγησε τον Άγιο στην άλλη ζωή ήταν η πάθηση της καρδιάς του, η όποια προέκυψε εξ αίτιας κάποιου πειρασμού που πέρασε.
