Σύμφωνα με την παράδοση η αυθεντική εικόνα της Θεοτόκου με το Χριστό βρέθηκε από ένα βοσκό σε μια κοιλάδα νοτιοδυτικά του νησιού γεμάτη από μυρτιές, που ονομάζονται «Μυρτίδια», τον 13ο αιώνα μ.Χ. Στην εικόνα αυτή αρχικά «διεκρίνοντο καθαρά τα χαρακτηριστικά μέχρι στέρνων» της Θεομήτορος και του Χριστού, «με την πάροδο του χρόνου όμως απέκτησε σταδιακά το σκούρο χρώμα».
Το πιθανότερο είναι η ιστόρηση της εικόνας αυτής να έγινε από τον Ευαγγελιστή Λουκά (1ος αιώνας μ.Χ.). Στη θέση της «εύρεσης» ο πτωχός βοσκός έκανε ένα μικρό εκκλησάκι και στην περιποίηση του αφιέρωσε τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του. Μετά το θάνατο του ευσεβούς βοσκού, την περιποίηση του μικρού Ναού της Μυρτιδιώτισσας ανέλαβε ο Μοναχός Λεόντιος, ο οποίος με χρηματική βοήθεια Κυθηρίων μεγάλωσε λίγο το αρχικό εκκλησάκι και έκτισε γύρω του μερικά κελιά για τη φιλοξενία των προσκυνητών.
Όμως το πλήθος των προσκυνητών που κατέφθαναν από διάφορα μέρη δημιούργησε την ανάγκη ενός μεγάλου Ναού. Το δύσκολο αυτό έργο της ανέγερσης ξεκίνησε με πολύ ζήλο, προσπάθειες και εράνους ο δραστήριος Ιερομόναχος Αγαθάγγελος Καλλίγερος το 1841 μ.Χ. και σε δεκαέξι χρόνια έγινε ένα υπέροχο συγκρότημα που αποτελείται από μεγαλοπρεπή Ναό, ένα αριστουργηματικό πανύψηλο καμπαναριό και πολλά κελιά φιλοξενίας.
Ο μικρός Ναός της «εύρεσης», το Καθολικό, όπως λέγεται, παρέμεινε κάτω από το μεγάλο Ναό, διατηρείται σε άριστη κατάσταση και εκεί φυλάσσεται κατά τους χειμέριους μήνες η εικόνα της Παναγίας που η αγάπη των Κυθηρίων τη φύλαξε μέσα σε μια ολόχρυση επένδυση, αληθινό αριστούργημα φτιαγμένο από τον Κρητικό καλλιτέχνη Νικόλαο Σπιθάκη το 1827 μ.Χ.
Στο κάτω μέρος της χρυσής επένδυσης απεικονίζονται τρία θαύματα: το θαύμα της εύρεσης της εικόνας από το βοσκό, το θαύμα της θεραπείας του παραλύτου στις 24 Σεπτεμβρίου (αρχές του 17ου αιώνα) και το θαύμα της διάσωσης του φρουρίου των Κυθήρων από τους κεραυνούς (22 Ιανουαρίου 1829) κατά τη διάρκεια της φύλαξης της εικόνας της Παναγίας εντός του φρουρίου για το φόβο των πειρατών που μάστιζαν τη Μεσόγειο.
Ο Ιερός Ναός εορτάζει στις 24 Σεπτεμβρίου, ημέρα εορτασμού του θαύματος της θεραπείας του παραλύτου. Στον Ιερό Ναό υπάρχουν δύο παρεκκλήσια, το ένα αριστερά του Τέμπλου, αφιερωμένο στην Οσιοπαρθενομάρτυρα Ελέσα (1 Αυγούστου) και το άλλο δεξιά στον Όσιο Θεόδωρο (12 Μαΐου).
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος δ’.
Λαοί νῦν κροτήσωμεν, δεῦτε τάς χεῖρας πιστῶς καί ἄσωμεν ἄσμασι τῇ Θεομήτορι ἐν πόθῳ κραυγάζοντες˙ Χαῖρε ἡ προστασία πάντων τῶν δεομένων Χαῖρε ἡ σωτηρία τῶν τιμώντων σε πόθῳ, Χαῖρε ἡ τῷ παραλύτῳ τήν ἴασιν βραβεύσασα.
