Το βράδυ της 8 Νοεμβρίου 1920 ο Άγιος Νεκτάριος παρέδωσε την υγείασμένη ψυχή του στο νοσοκομείο Αρεταίειο, όπου είχε μεταφερθεί προς θεραπεία.
Διηγείται η αείμνηστος πρώτη ηγουμένη της μονής Ξένη μοναχή, τυφλή, ως γνωστόν, το απόγευμα της 8 Νοεμβρίου έλαβαν τηλεγράφημα εξ Αθηνών οι αδελφές που έλεγε ότι οι κατάστασις του Σεβασμιωτάτου εβελτιώθη αισθητός και εχάρισαν.
Η ηγουμένη βγήκε όμως από το κελίο της γιά νά μάθει την αιτία της χαράς τους. Όταν έμαθε για το τηλεγράφημα ανακοίνωσε στις αδελφές, ότι ο Δεσπότης δεν είναι καλά και ίσως απέθανε γιατί τον είδε στην αυλή της μονής και την αποχαιρέτησε λέγων (ήλθα να σας αποχαιρετήσω. Φεύγω. Χαίρετε). Και ύστερα από δύο ώρες έλαβαν και πάλι τηλεγράφημα ότι ο Δεσπότης απεδήμησε πρός Κύριον.
Αφού η μοναχή Ευφημία προετοίμασε το Ιερό σκήνωμα του Αγίου το πρωί της 9 Νοεμβρίου μετεφέρθη μέ αμάξι διά της λεωφόρου Συγγρού η οποία τότε ήταν τελείως κατεστραμμένη στον Πειραιά και παρέμεινε στο ναό της Αγίας τριάδος επί ώρας μέχρι της αφίξεως του ατμόπλοιου Πτερωτή για νά μεταφερθεί στό νησί της Αιγίνης όπου το υποδέχθηκαν οι Αιγινίτες οι οποίοι δεν άφησαν να τεθεί σε φορείο, αλλά προθυμοποιήθηκαν να το μεταφέρουν πεζή, εναλλασσόμενοι καθ οδόν για να λάβουν την ευλογία του Αγίου και όλοι έλεγαν ότι ησθάνοντο ελαφρόν το φέρετρο παρότι ήταν βαρύτατο. Νύχτα πλέον έφτασαν στην μονήν η αδελφότητα με δάκρυα εδέχθη τον Πνευματικόν της Πατέρα και απέθεσαν το φέρετρο στον ναόν όλος ο κόσμος γέμισε την Μονή και καθόλη τη νύχτα εψάλη η νεκρώσιμος ακολουθία προς κληρικούς εν μέσω συρροής κόσμου.
Η επίσημος νεκρώσιμος ακολουθία εψάλη την 10η Νοεμβρίου 4μμ προεξάρχοντος του ιεροκήρυκος Αττικής μετέπειτα Μητροπολίτου Χίου Παντελεήμονος Φωστίνη και το Ιερό Λείψανο ετέθη στο μνημείο 48 ολόκληρες ώρες μετά τον θάνατο του.
Μετά από τόσο ταλανισμό που υπέστη κατά τη μεταφορά του από το Αρεταίειο Νοσοκομείο μέχρι της Μονής και την υψηλή θερμοκρασία που επικράτησε στο ναό και την προσκύνηση υπό του πλήθους ουδεμίαν αλλοίωση υπέστη, ούτε παρουσίασε σήψη η δυσοσμία αντίθετα ο Άγιος ίδρωνε στο μέτωπο του και ευωδίαζε, πολλοί δε συνέλεξαν τον ιδρώτα – μύρο με βαμβάκι γία να το έχουν ως φυλαχτό. Μετά από λίγες μέρες ευωδιά ξεχύνονταν από τον τάφο του αλλά και ο Άγιος ενεφανίζετο σε πολλούς φορώντας τον μικρό και ελαφρών σκούφο και το κοντό ράσο του όπως συνήθιζε να ενδύεται στην Μονήν λέγων σε αυτούς που δέν τον γνώριζαν ότι είναι ο Νεκτάριος της Αιγίνης. Έτσι μπορούμε να πούμε οπως και ο αείμνηστος π Άγγελος Νησιώτης.
Ουδεμία αμφιβολία υπήρχε ότι ο Άγιος έγινε μυροβλύτης διά τήν αγιότητά του και διά τας ποικίλας αρετάς του, δία τούτο καί ανεδίδετο ευωδία λευκού κρίνου και συνθέτου λιβανωτού από τα Ιερά του Λείψανα.
Μέρος από ομιλία του π Επιφανίου για τον Άγιο Νεκτάριο στόν Μητροπολιτικό Ναό της Νέας Ιωνίας όπως τα έχει καταγράψει από διηγήσεις συγγενών του Αγίου
