Η Θεία Λειτουργία της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας που έχει επικρατήσει, είναι αυτή που φέρει το όνομα του Χρυσοστόμου με μερικές τροποποιήσεις. Τελείται κάθε Κυριακή και εορτή στις Εκκλησίες με εξαίρεση 2 φορές το χρόνο που τελείται η Λειτουργία του Ιακώβου Αδελφοθέου, του Μεγάλου Βασιλείου και τις «προηγιασμένες».
Η Θεία Λειτουργία του Χρυσοστόμου
Από αρχαία χειρόγραφα αποδίδονται στον Χρυσόστομο μόνο οι ευχές κατηχουμένου η προσκομιδή, ενώ ο Σεβαστινιάνοφ 414 μ.Χ. και την «οπισθάμβωνον». Η σύγχρονη έρευνα όμως καταδεικνύει ότι μεγάλος αριθμός χωρίων και διατυπώσεων έχουν αντιστοιχία με γνήσια έργα του Χρυσοστόμου. Αυτό μας οδηγεί στο συμπέρασμα ότι επενέβη προσθετικά στη Θεία Λειτουργία, για αυτό το λόγο του αποδόθηκε αργότερα εξ ολοκλήρου. Η Λειτουργία αυτή άρχισε να επικρατεί από την εποχή που ο ίδιος έγινε Αρχιεπίσκοπος Κωνσταντινουπόλεως, με αποτέλεσμα να εκτοπισθούν οι υπόλοιπες όπως του Μεγάλου Βασιλείου, που είχε και αυτή πυρήνα την Αποστολική Θεία Λειτουργία.
Υμνογραφία
Σύμφωνα με το στοιχείο που παραθέτει ο μαθητής του Χρυσοστόμου Θεοδώρητος, ο Ιωάννης ο Χρυσόστομος καθιέρωσε στην Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως έναν ειδικό τύπο ψαλμωδίας, που τηρήθηκε σ’ αυτή και μετά τον θάνατό του. Επίσης είναι γνωστό ότι το Κοντάκιο, ο τύπος που γνωρίζουμε ως ψαλμωδία στη Θεία Λειτουργία, έχει πρόδρομο του, τον Χρυσόστομο. Αρχικά ήταν κείμενο που απαγγελόταν εμμελώς και εν συνεχεία καθιερώθηκε με τον τύπο που σήμερα γνωρίζουμε.
Ο Ιωάννης ο Χρυσόστομος είναι επίσης πολύ γνωστός για τις προσευχές τις οποίες συνέταξε. Σήμερα, εκτός της Θείας Λειτουργίας, διασώζονται πολλές προσευχές που χρησιμοποιούνται από την Ορθόδοξη εκκλησία σε πολλά τυπικά λατρευτικά γεγονότα, όπως στον Όρθρο, την αναστάσιμη Θεία Λειτουργία, διάφορους παρακλητικούς κανόνες κ.α.
Αγιογραφία
Η συνήθης απεικόνιση του Αγίου εμφανίζεται σε δύο μορφές. Είτε μεταξύ των μεγάλων πατέρων της Εκκλησίας και των Τριών Ιεραρχών, Μεγάλου Βασιλείου, Γρηγορίου του Θεολόγου που πολλές φορές μαζί τους παρευρίσκεται και ο Μέγας Αθανάσιος, στο εσωτερικό της κόγχης του Ιερού Βήματος, στην παράσταση μελισμού είτε σε κατ’ ενώπιον απεικόνιση σε φορητές εικόνες.
Στην πρώτη περίπτωση, όπως και οι άλλοι Ιεράρχες, φέρει πλήρη Λειτουργική αμφίεση (στιχάριον, επιτραχήλιο, φαιλόνιο, ωμοφόριο και επιμάνικα). Είναι ελαφρώς στραμμένος προς το κέντρο της κόγχης, σε στάση δεήσεως, με ελαφρά κάμψη της κεφαλής. Στα χέρια κρατάει ειλητάριο, στο οποίο αναγράφονται αποσπάσματα από Λειτουργικές ευχές.
Στις κατ’ ενώπιον εικόνες απεικονίζεται μετρίου αναστήματος, με λεπτό ασκητικό σώμα. Πρόσωπο ασκητικό, μάλλον γλυκό και ωραίο χρώμα. Επίσης εμφανίζεται στο αριστερό χέρι να κρατάει το Ευαγγέλιο και με το δεξί να ευλογεί.
Εορτές
Τιμάται ως Άγιος από την Ορθόδοξη Εκκλησία. Η λειτουργία που έγραψε και φέρει το όνομά του (Θεία Λειτουργία του Χρυσοστόμου) τελείται στην Ορθόδοξη Εκκλησία κάθε Κυριακή μέχρι και σήμερα, αλλά και σε καθολικές εκκλησίες όπως το εξαρχικό (ελληνόρυθμο) μοναστήρι της Παναγίας της Κρυπτοφέρρης κοντά στη Ρώμη.
Εορτάζεται: Από την Ορθόδοξη Εκκλησία στις εξής ημέρες:
13 Νοεμβρίου: μνήμη Ιωάννη του Χρυσοστόμου (η 14η Σεπτεμβρίου είναι η εορτή Υψώσεως του Σταυρού και έτσι η εορτή μετατέθηκε).
30 Ιανουαρίου: των Τριών Ιεραρχών, μαζί με τον Μέγα Βασίλειο και τον Άγιο Γρηγόριο τον Θεολόγο
15 Δεκεμβρίου: χειροτονία του σε Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως.
27 Ιανουαρίου: ανακομιδή των λειψάνων του το 438 από τον Πατριάρχη Πρόκλο
26 Φεβρουαρίου: η χειροτονία του σε πρεσβύτερο.