Το λείψανό του έθαψε με ευλάβεια ο πρώτος επίσκοπος Πατρών Στρατοκλής. Σύμφωνα με έναν θρύλο, ο Άγιος Ρήγουλος, μοναχός στην Πάτρα, κάποια νύχτα είδε σε όραμα στον ύπνο του άγγελο που του ζήτησε να κρύψει μέρος του λειψάνου. Λίγο αργότερα, στις 3 Μαρτίου 357, με εντολή του Αυτοκράτορα Κωνστάντιου Β΄, τα λείψανα μεταφέρθηκαν από την Πάτρα στην Κωνσταντινούπολη και εναποτέθηκαν στον Ναό των Αγίων Αποστόλων.
Άγιος Ανδρέας-30 Νοεμβρίου: Τα τίμια λείψανα του Αγίου
Ο Ρήγουλος λέγεται ότι σε δεύτερο όνειρο ένας άγγελος τον συμβούλεψε να πάρει τα κρυμμένα υπόλοιπα λείψανα «στα άκρα της γης» για προστασία.
Όπου θα ναυάγησε, έπρεπε να χτίσει ένα ιερό για αυτά.
Έτσι ο Άγιος Ρήγουλος απέπλευσε, παίρνοντας μαζί του ένα γόνατο, ένα οστό του άνω βραχίονα, τρία δάχτυλα και ένα δόντι. Έπλευσε δυτικά, προς την άκρη του γνωστού κόσμου, και ναυάγησε στην ακτή του Φάιφ στη Σκωτία.
Ωστόσο, τα λείψανα πιθανότατα μεταφέρθηκαν στη Βρετανία το 597 στα πλαίσια της ιεραποστολής του Αυγουστίνου και στη συνέχεια το 732 στο Φάιφ από τον επίσκοπο Acca του Hexham, έναν πολύ γνωστό συλλέκτη θρησκευτικών λειψάνων.
Το κρανίο του
Το κρανίο του, που είχε μεταφερθεί στην Κωνσταντινούπολη, επέστρεψε στην Πάτρα από τον αυτοκράτορα Βασίλειο Α΄, ο οποίος βασίλεψε από το 867 έως το 886.
Το 1207, αφότου οι Φράγκοι κατέκτησαν την Κωνσταντινούπολη, τα λείψανα του Αγίου Ανδρέα, τα οποία έως τότε φυλάσσονταν, μαζί με λείψανα άλλων αγίων, εντός της Εκκλησίας των Αγίων Αποστόλων,μεταφέρθηκαν στο Αμάλφι της Ιταλίας από τον Καρδινάλιο Πέτρο της Κάπουα, ο οποίος καταγόταν από εκεί.
Κατόπιν κτίστηκε καθεδρικός ναός (Duomo), ο οποίος αφιερώθηκε στον Άγιο Ανδρέα, όπως και όλη η πόλη, στην κρύπτη του οποίου υποστηρίζεται ότι παραμένουν τα περισσότερα λείψανα του Αποστόλου, συμπεριλαμβανομένου ενός ινιακού οστού.
Το 1461, όταν οι Οθωμανοί διέσχισαν το Στενό της Κορίνθου, ο Θωμάς Παλαιολόγος, νεότερος επιζών γιος του Βυζαντινού αυτοκράτορα Μανουήλ Β΄ Παλαιολόγου και Δεσπότης του Μυστρά, έφυγε από την Πάτρα για να βρει καταφύγιο στην Ιταλία, παίρνοντας μαζί του αυτό που θεωρούνταν το κρανίο του Αγίου Ανδρέα.
Το παρέδωσε στον Πάπα Πίο Β΄, ο οποίος το ενσωμάτωσε αρχικά σε έναν από τους τέσσερις κεντρικούς πυλώνες της Βασιλικής του Αγίου Πέτρου στο Βατικανό και στη συνέχεια στην Πιέντσα
Τον Σεπτέμβριο του 1964, ο Πάπας Παύλος ΣΤ΄, ως χειρονομία καλής θέλησης προς την Ορθόδοξη Εκκλησία, διέταξε να επιστραφούν στην Πάτρα όλα τα λείψανα του Αγίου Ανδρέα που βρίσκονταν στην Πόλη του Βατικανού.
Ο καρδινάλιος Augustin Bea μαζί με πολλούς άλλους καρδιναλίους παρέδωσαν το κρανίο στον Μητροπολίτη Πατρών Κωνσταντίνο στις 24 Σεπτεμβρίου 1964.
Ο σταυρός του Αγίου Ανδρέα
Ο σταυρός του Αγίου Ανδρέα φυγαδεύτηκε από την Ελλάδα κατά τη διάρκεια των Σταυροφοριών από τον Δούκα της Βουργουνδίας.
Φυλάχθηκε στην εκκλησία του Αγίου Βίκτωρα στην Μασσαλία, έως ότου επέστρεψε στην Πάτρα στις 19 Ιανουαρίου 1980.
Ο σταυρός του αποστόλου παραδόθηκε στον Μητροπολίτη Πατρών Νικόδημο από μια καθολική αντιπροσωπεία με επικεφαλής τον καρδινάλιο Roger Etchegaray.
Όλα τα λείψανα, που αποτελούνται από το μικρό δάχτυλο, το κρανίο (μέρος της κορυφής του κρανίου του Αγίου Ανδρέα) και ο σταυρός στον οποίο μαρτύρησε, φυλάσσονται στον ναό του Αγίου Ανδρέα στην Πάτρα σε ειδικό χώρο και εκτίθενται σε προσκύνηση κάθε 30 Νοεμβρίου, ημέρα της γιορτής του.
Το 2006, η Καθολική Εκκλησία, ξανά μέσω του Καρδινάλιου Etchegaray, παρέδωσε στην Ορθόδοξη Εκκλησία ακόμη ένα λείψανο του Αγίου Ανδρέα.
Σήμερα, πέρα από τον ναό των Πατρών, τμήματα λειψάνων του Αποστόλου Ανδρέα φυλάσσονται στην Σκήτη του Αγίου Ανδρέα στο Άγιο Όρος, στον καθεδρικό ναό του Αμάλφι (Duomo di Sant’Andrea) και της Σαρτσάνα στην Ιταλία, στον Ρωμαιοκαθολικό Καθεδρικό Ναό της Αγίας Μαρίας στο Εδιμβούργο στην Σκωτία, στην Εκκλησία των Αγίων Ανδρέα και Αλβέρτου στη Βαρσοβία στην Πολωνία, ενώ πολλά μικρότερα λείψανα υπάρχουν επίσης σε όλο τον κόσμο.