Η αγιοκατάταξη της ηγουμένης Φιλοθέης έγινε επί Οικουμενικού Πατριάρχη Ματθαίου Β’ (1595-1600), ύστερα από σχετική αναφορά του Μητροπολίτη Αθηνών Νεοφύτου, την οποία συνυπέγραψαν οι Μητροπολίτες Κορίνθου και Θηβών, μαζί με τον κλήρο και τους προκρίτους των Αθηνών.
Αγία Φιλοθέη-19 Φεβρουαρίου: Η Αγιοκατάταξη
Στην αναφορά τους ζητούσαν, μεταξύ άλλων, την επίσημη αναγνώρισή της από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, τονίζοντας τα αναρίθμητα θαύματα που έγιναν από το λείψανό της, το οποίο ευωδίαζε.
«Eπειδή εδηλώθη ασφαλώς ότι το θειότατον σώμα της οσιωτάτης Φιλοθέης ευωδίας πεπληρωμένον εστί και μύρον διηνεκώς εκχείται, αλλά και τοις προσιούσι τε ασθενέσι τε και θεραπείας δεομένοις την ίασιν δίδωσι… τούτου χάριν έδοξε ημίν τε και πάση τη Ιερά Συνόδω των καθευρεθέντων ενταύθα αρχιερέων συγγραφήναι και ταύτην εν τω χορώ των οσίων και αγίων γυναικών, ώστε κατ’ έτος τιμάσθαι και πανηγυρίζεσθαι».
Το 1775 εκδόθηκε στη Βενετία η συνταχθείσα προς τιμήν της ακολουθία, έργο αγνώστου υμνογράφου, στην οποία παρατίθεται και ο βίος της.
Η μνήμη της τιμάται κάθε χρόνο στις 19 Φεβρουαρίου σε ναούς και παρεκκλήσια αφιερωμένα σε εκείνη. Στην Αττική, μεταξύ άλλων, στο παρεκκλήσι στην περιοχή Διώνη Πικερμίου, αλλά και στην περιοχή της Εκάλης, στην ομώνυμη γυναικεία μονή που ιδρύθηκε το 1960.
Στον χώρο της μονής λειτούργησε το 1963 οικοτροφείο θηλέων υπό την επωνυμία «Αγία Τριάς», όπου φιλοξενούνται κορίτσια. Ενοριακός ναός αφιερωμένος στην Αγία Φιλοθέη υπάρχει και στον Πύργο Ηλείας, όπου δίπλα λειτουργεί και το οικοτροφείο-ορφανοτροφείο θηλέων «Η Αγία Φιλοθέη».
Στο όνομα της αγίας είναι αφιερωμένα παρεκκλήσια και στους ναούς Αγίας Αικατερίνης στο Άργος και Αγίου Κωνσταντίνου στο χωριό Χαλκιάδες Άρτας.
