Τα τελευταία χρόνια ό πατήρ Ευμένιος είχε προβλήματα στα μάτια, στα νεφρά, στα πόδια. Είχε πληγές στα πόδια (λόγω του σακχάρου) που δεν έκλειναν, παρ’ όλη την φροντίδα που του πρόσφεραν. Πονούσε υπερβολικά, όμως κανείς δεν τον είδε ποτέ να κάνει μορφασμούς πόνου, κανείς δεν τον άκουσε να παραπονιέται.
Ένα απόγευμα που τον ταλαιπωρούσε ένας υψηλότατος πυρετός, εκείνος έλεγε: «Ζήτω ο πυρετός! Ζήτω ο πυρετός!»
Αντί να είναι στο κρεβάτι του να τον φροντίζουν οι άλλοι, εκείνος περιποιόταν τους άλλους και λειτουργούσε σαν να είναι υγιέστατος.
Τα τελευταία τέσσερα χρόνια η όρασή του ελαττωνόταν συνεχώς και, όπως μας διαβεβαίωναν οι γιατροί που τον εξέταζαν, στο τέλος ήταν τελείως τυφλός. Και όμως περπατούσε, λειτουργούσε, εργαζόταν κερνούσε αναψυκτικά, αναγνώριζε τους ανθρώπους, έκανε τα πάντα σαν να μην είχε κανένα πρόβλημα οράσεως!!!
Ένα πρωινό τον βρήκαμε να κοιμάται, αλλά έναν ύπνο περίεργο, σαν λήθαργο. Ήταν από το σάκχαρο. Άρχισαν ατελείωτες επισκέψεις σε γιατρούς, νοσηλείες σε νοσοκομεία. Οι γιατροί ήταν απογοητευτικοί. Μπήκε με υψηλό πυρετό στο νοσοκομείο και υποβλήθηκε σε ισχυρή θεραπευτική αγωγή. Εκείνος όμως τηρούσε αυστηρά την άλαδη νηστεία (ήταν Δεκαπενταύγουστος).
Τον επόμενο χρόνο εισήχθη στον Ευαγγελισμό. Εκεί νοσηλεύθηκε πάνω από τρείς μήνες. Οι γιατροί συζητούσαν να του κόψουν το πόδι.
Εκείνος γνώριζε ότι η ζωή του πλέον θα ήταν μαρτυρική και το είχε πει: «Από εδώ και πέρα η ζωή μου δεν θα είναι πια η ίδια, θα ανεβώ πάλι στον Σταυρό. Από τον Σταυρό ξεκίνησα, στον Σταυρό θα τελειώσω»
Τους τελευταίους 18 μήνες της ζωής του, που ήταν στον Ευαγγελισμό, το δωμάτιό του λειτουργούσε σαν κελί του ερχόταν κόσμος πολύς και τις περισσότερες φορές δεν προλάβαινε να αναπαυθή.
Όταν πλησίαζε το τέλος του πατρός Ευμενίου, ο ίδιος το προαισθανόταν και μας έδινε κάποιες ενδείξεις.
Ήταν 17 Μαρτίου 1999, των ονομαστηρίων του Μητροπολίτου Νικαίας Αλεξίου. Άρχισε να ψάλλει την φήμη του Σεβασμιωτάτου. Στο τέλος του είπαμε:
«Και τα δικά σας πολλά τα έτη, Γέροντα».
«Τα δικά μου…», είπε σκεπτικός και άρχισε να μετράει:
«17, 18, 19, 20, 21, 22, 23…».
Στο 23 σταμάτησε. Όταν εκοιμήθη, 23 Μαϊου, τότε καταλάβαμε τι σήμαινε που σταμάτησε το μέτρημα στο 23. Ήταν 4.10 μ.μ. όταν άφησε την ψυχή του στα χέρια του Υψίστου, σε ηλικία 68 ετών. Η εξόδιος Ακολουθία εψάλη στον Ιερό Ναό των Αγίων Αναργύρων, τον οποίο διηκόνησε η αγιότητα του με περίσσια αυταπάρνηση και αγάπη.
Ο ενταφιασμός του έγινε την επόμενη ημέρα στην ιδιαιτέρα του πατρίδα, την Κρήτη, στο χωριό Εθιά του Νομού Ηρακλείου.